Ochrana vody je pro obě části Euroregionu Krušnohoří jednou z největších priorit životního prostředí. Po ukončování těžby v dolech vyvstává problém s hladinou spodních vod, která se zatím čerpáním udržuje na nižší úrovni. Na německé straně je problém s obsahem škodlivin ve výsypkách po rudném dolování, proto je i zde ochrana vody aktuální. Současně se nabízí možnosti, jak termálně a energeticky využívat potenciálu důlní vody. Na saské straně je v této oblasti dostatek zkušeností a nabízí se proto nejen jejich výměna, ale i společný monitoring a společný výzkum, vedoucí k praktickému využití. Na jednání ve Freibergu 9. 5. 2016 se partneři, Palivový kombinát Ústí, s.p., OHK Most, Vysoká škola báňská, Euroregion Krušnohoří, Technická univerzita Bergakademie Freiberg a Vysoká škola Zittau/Görlitz dohodli na základním směřování spolupráce, kterou budou na dalším jednání v červnu konkretizovat v Zittau.
